為了質譜儀器的正常工作，必須要組成高真空系統的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構成兩級真空機組以確保所需的真空。被分析樣品經毛細管柱分離，進入離子源。采用電子電力標準配置(EI)，產生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統。四極桿在高頻電壓與正負電壓聯合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四極場運動方程的離子才能通過四極桿對稱中心到達離子檢測器，再經離子流放大器放大，產生質譜信號。得到了質譜圖，通過解釋譜圖或進行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。待分析樣品通過載氣（氫氣或氦氣）經過GC色譜柱得到初步分離，從色譜柱流出的各組分經過GC-MS接口模塊傳輸進入MS模塊的離子源單元，在這里各組分被離子化形成離子，進而被MS模塊中的質量分析分析，分析獲得的數據由GC-MS平臺的數據處理模塊進行處理、顯示，并進行數據庫搜索和比對。整個分析過程所涉及到的流程處理順序均由GC-MS平臺的儀器控制模塊進行控制和協調。